エックス線CTとMRIの大きな違いは、MRIは磁石で撮影しますが、CTは放射線（エックス線）を用いて撮影します。放射線を使うというと被曝の問題があろうかと思われますが医療機関で行われる検査でのエックス線放射線量は極わずかです。

また、放射線被曝のリスクとCT検査によって受けられる診断・診療に対する情報・対価をくらべると後者の方が大きいものであるがために普及しています。
また、MRI検査より優れているところは、検査時間の短縮があげられます。MRIも近年かなり速やかに検査が終了するようになりましたが、当院の装置で10分～30分は装置内でじっとしていなければなりませんが、CTでは、検査時間そのものは長くても10分程度で終わります。

次に、画像の違いですがCTは急性期の出血に強いです。当院は脳神経外科ですので頭部外傷の患者さまもたくさんいらっしゃいます。そのような時には、脳出血の有無を検索するのにはやはりCTが有利です。CTでまず、速やかに検査ができて出血の有無を確認することができます。
その他には、造影剤を用いてダイナミックCTを施行することにより肝臓がん・膵臓がん他の早期発見・進展度の把握などもCTは得意です。